في معظم الحالات تتخطى تكلفة تطبيق برامج الـ ERP  الميزانية المحددة لها على الرغم من التخطيط المسبق للمشروع من النواحي المادية!, لذا تجد العديد من الشركات تفاجأ بظهور تكاليف غير مباشرة نشأت عند تركيب نظام الـ ERP.